В октябре 1994 года после принятия Закона Республики Карелии «О местном самоуправлении в Республике Карелия» общее собрание глав местного самоуправления одобрило инициативу о создании Союза городов и районов Республики Карелия.

В мае 1995 года зарегистрирована «Ассоциация местного самоуправления Республики Карелия». Председателем этой организации стал мэр города Петрозаводска Сергей Леонидович Катанандов, исполнительным директором – Сергей Савельевич Ковшов.

В ноябре 2001 года в органах юстиции зарегистрирована «Ассоциация муниципальных образований Республики Карелия» как некоммерческая организация. Исполнительным директором этой организации стал Александр Дмитриевич Юрьев, возглавлявший исполнительную дирекцию до августа 2014 года.

С 1998 по 2002 год Ассоциацию возглавлял глава местного самоуправления Сортавальского района Валерий Альбертович Варья, с 2002 по 2012 – Владимир Григорьевич Захаров, глава местного самоуправления Питкярантского района, с 2012 года – Юрий Константинович Разумейчик, глава администрации Кемского муниципального района.

В апреле 2006 года в соответствии с Федеральным законом «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации» Ассоциация переименована в Ассоциацию «Совет муниципальных образований Республики Карелия». В её состав вошли 16 районов и один городской округ. В июне 2006 года на общем собрании представителей всех муниципальных образований Республики Карелия с участием Главы Республики Карелия Катанандова С.Л. в члены Ассоциации приняты еще 31 поселение.

Организацией были подписаны соглашения о сотрудничестве с Союзом муниципалитетов Финляндии (декабрь 2001), с Карельским филиалом Северо-Западной академии государственной службы (декабрь 2002), с Библиотечной Ассоциацией Республики Карелия (декабрь 2003), с Правительством Республики Карелия (октябрь 2007).
Ассоциация сотрудничала с СПК «Карелагро» с целью развития сельских территорий, в результате в 2008-2009 годах в 11 муниципальных районах создано более 30 кооперативов.

Проводились Общие собрания членов Ассоциации и заседания Правления, где рассматривались вопросы взаимодействия органов местного самоуправления поселений и районов, обсуждалась Концепция развития муниципальной службы в Республике Карелия, вопросы реализации закона Республики Карелия от 12.11.2007 года №1128-ЗРК «О некоторых гарантиях обеспечения деятельности лиц, замещающих муниципальные должности в органах МСУ в РК», о реализации полномочий по поддержке малого и среднего предпринимательства в муниципальных образованиях, вопросы сотрудничества и взаимодействия муниципальных образований, в том числе выездные (ноябрь 2007 в г. Кондопога), (январь 2009 в г.Сегежа).

Ассоциация тесно сотрудничала с Государственным комитетом Республики Карелия по вопросам развития местного самоуправления. На совместных заседаниях рассматривались вопросы состояния и перспектив межмуниципального сотрудничества (в марте 2010 года этой проблеме посвящено выездное заседание коллегии Госкомитета и Правления Ассоциации в г. Пудоже).

Однако в связи с финансовыми трудностями Ассоциация «Совет муниципальных образований Республики Карелия», зарегистрированная в 2001 году, была ликвидирована 26 августа 2014 года.

Новая СО НКО Ассоциация «Совет муниципальных образований Республики Карелия» была зарегистрирована 5 декабря 2014 года.

Её учредителями стали администрации Костомукшского городского округа, Беломорского, Калевальского, Кемского, Кондопожского, Лахденпохского, Лоухского, Медвежьегорского, Муезерского, Олонецкого, Питкярантского, Прионежского, Пряжинского, Пудожского Сегежского, Сортавальского Суоярвского муниципальных районов, Калевальского, Боровского, Кондопожского, Лоухского, Пяозерского. Чупинского, Медвежьегорского, Пиндушского. Повенецкого, Муезерского, Питкярантского, Надвоицкого,Хелюльского, Суоярвского городских поселений, Летнереченского, Сосновецкого, Сумпосадского, Луусалмского, Юшкозерского, Кривопорожского, Куземского, Рабочеостровского, Гирвасского, Кедрозерского, Курортного, Янишпольского, Амбарнского, Кестеньгского, Малиновараккского, Плотинского, Великогубского, Паданского, Толвуйского, Чебинского, Челмужского, Шуньгского, Воломского. Лендерского, Пенингского, Ребольского, Ругозерского, Суккозерского, Видлицкого, Ильинского, Мегрегского, Импилахтинского, Ляскельского, Харлуского, Гарнизонного, Деревянского, Деревянкского, Заозерского, Ладва-Веткинского, Ладвинского, Мелиоративного, Нововилговского, Пайского, Рыборецкого, Шуйского, Ведлозерского, Крошнозерского, Матросского, Святозерского, Чалнинского, Эссойльского, Красноборского, Кубовского, Пяльмского, Шальского, Валдайского, Идельского, Поповпорожского, Чернопорожского, Хаапалампинского, Вешкельского, Найстеньярвского, Поросозерского сельских поселений.

На Общем собрании членов Ассоциации 29 октября 2014 года Председателем избран глава администрации Кемского муниципального района Юрий Константинович Разумейчик, возглавлявший организацию до 14 декабря 2018 года, исполнительным директором – Элла Эйвазовна Смирнова, с 7 июля 2015 года им стала Татьяна Михайловна Шарипова, с 31 мая 2017 года по 14 декабря 2018 года – Виктор Иосифович Мудель.

С 13 ноября 2015 года Ассоциация является членом Единого общероссийского объединения муниципальных образований (Конгресс).

На Общем собрании членов Ассоциации 14 декабря 2018 года Председателем Ассоциации избран Олег Владимирович Болгов, глава администрации Лахденпохского муниципального района, Исполнительным директором Ольга Арсеньевна Бурак, помощник члена Совета Федерации Российской Федерации по Республике Карелия.

Председатель Ассоциации «Совет муниципальных образований Республики Карелия» Олег Владимирович Болгов и Исполнительный директор Ольга Арсеньевна Бурак

На 31 декабря 2020 года все 124 муниципальных образования Республики Карелия являются членами Ассоциации.

В мае 2019 года принят Закон Республики Карелия от 27 мая 2019 года N 2373-ЗРК «О полномочиях органов государственной власти Республики Карелия по взаимодействию с Ассоциацией «Совет муниципальных образований Республики Карелия». В январе 2020 года заключено соглашение о сотрудничестве с Законодательным Собранием Республики Карелия.

Разработан сайт Ассоциации асмо-карелия.рф.

2 декабря 2022 года Председателем Ассоциации «Совет муниципальных образований Республики Карелия» избран Мурый Вадим Николаевич, Глава Администрации Олонецкого муниципального национального района. Исполнительным директором вновь переизбрана Ольга Арсеньевна Бурак.

Мурый Вадим Николаевич